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依據收費辦法第五條之規定，應徵收物質若為化學物質，繳費人得檢具應徵收整治費化學物質之產製原料及製程內容說明，詳列直接產製原料已繳納整治費之成本百分比，向環保署申請免徵，並由環保署審查核定免徵比率。依據收費辦法第六條之規定，中央主管機關未核定免徵比率前，不得自行計算免徵比率後扣抵費額。經中央主管機關核定免徵比率，其生產製程及整治費費率未改變者，免徵比率得續予適用。