有關媒體今(19)日報導政府組改反成升官的終南捷徑、三級機關首長雙軌制，恐毀文官制度等情事，人事總處說明，本次組改法案完成立法後，行政院所屬計10個三級機關首長得以政務進用，占整體127個三級機關比率約為7%，未有報載所述壓縮文官升遷之情形。人事總處表示，針對三級機關首長雙軌制，中央行政機關組織基準法於 93 年制定時，第 18 條即規定三級機關首長除性質特殊且法律有規定得列政務職務外，其餘應為常務職務。
其立法意旨，已說明三級機關首長仍係以常務為原則，惟部分三級機關肩負政策擬訂角色，為兼顧專業與彈性用人需要，例外始以政務任用。又依基準法規定，行政院得衡量業務推動需要，設計三級機關首長的任用方式，向立法院提出組織法草案，由立法院做出最後判斷。人事總處進一步說明，即使是列政務、常務雙軌制的三級首長，政務任用也只是選項之一，還是要依業務需要決定。
目前立法通過之7個雙軌任用三級機關中，僅內政部空中勤務總隊、衛生福利部中央健康保險署、海洋委員會海洋保育署、國防部全民防衛動員署4者曾為政務任用。又本次行政院組改考量與產業發展息息相關、能廣納民間優秀人士而將交通部觀光署、經濟部產業發展署、能源署、中小及新創企業署等4機關首長得為雙軌任用，但行政院環境保護署毒物及化學物質局改制為環境部化學物質管理署後，其首長亦從雙軌任用改為常務任用單軌制。
顯見本次組改並無一味向政務任用傾斜，實務上仍然是以用人唯才、用人彈性及施政順利推動為優先考量。人事總處強調，本次組改法案完成立法後，行政院所屬計10個三級機關首長得以政務進用，占整體127個三級機關比率約為7%，且三級機關首長以雙軌任用，即代表優秀之常任文官亦可升任，爰應無外界質疑會衝擊文官升遷之情形。
人事總處最後指出，本次組改是因應氣候變遷、落實國家永續發展及將尚未完成組改部會儘速完成立法，行政院111年5月5日將內政部、經濟部、交通部、農業部、環境部與其所屬三級機關（構），以及獨立機關核能安全委員會（含行政法人）共計49項組織法案函請立法院審議。其中，根據環境治理新需要，將現行二級機關行政院環境保護署改制「環境部」，並新設「氣候變遷署」、「資源循環署」、「環境管理署」；為利臺灣的國家公園管理及保育工作更為完善，於內政部成立「國家公園署」；及為因應新型態商業模式及商業創新，經濟部成立「商業發展署」，至其餘機關則以現行組織架構為基礎，進行功能擴充，並無大幅增設10個署級行政單位。
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