近來外界指稱本次行政院組改氣水土林整合破局，難以落實環境資源保育工作，人事總處表示，本次組改鑑於整合氣水土林成立環境資源部缺乏共識，為加速回應氣候變遷及資源永續循環等新興議題，務實調整成立環境部，至目前各部會均依法辦理氣水土林等資源保育工作，且運作多年有良好跨部會協調聯繫機制。人事總處說明， 101年原規劃整合氣水土林成立環境資源部，惟所涉層面廣泛，各界對於整合方向一直缺乏共識，因此持續透過溝通整合，建立跨部會協調聯繫機制，例如行政院已訂定提升國土防洪治水韌性之整合作業指引、前瞻基礎建設計畫－水環境建設等計畫進行跨部會合作，足以強化我國環境資源保育，不須將所有機關都整合納入才能發揮效果。
人事總處進一步說明，以水庫集水區之流域管理為例，經濟部及農委會分別設有「經濟部水資源協調會」、「高屏溪流域管理委員會」、「德基水庫集水區管理委員會」及「水、土、林流域土砂經理聯繫會報」等任務編組共同推動相關流域治理業務，未來並將研議於行政院層級設置具跨部會整合協調功能之集水區流域治理平台，以落實推動集水區保育相關工作。
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