逾期繳納使用牌照稅除會被加徵滯納金外，也可能被處以罰鍰。臺南市政府財政稅務局表示，依據財政部111年6月22日函釋規定，若滯納期滿後(112年自6月2日起)，在未繳納使用牌照稅的情況下被查獲使用公共道路，將按開徵當年度截至查獲日計徵稅額，每次處以0.3倍罰鍰，次年以後再次被查獲則按全年欠稅金額計算，各欠稅年度累計裁處金額以0.9倍為上限，而免加徵滯納金。
該局舉例說明，林先生有部車每年應納稅額7,120元，該車112年的使用牌照稅未繳納，在今(112)年滯納期滿後於9月15日，使用公共道路（含行駛及停放）被查獲，除了需繳納112年的使用牌照稅外，還需按112年1月1日至9月15日這段期間未徵起的應納稅額5,032元處以0.3倍罰鍰，計1,509元，而免再加徵滯納金；若113年2月20日再次被查獲，則按112年全年欠稅金額7,120元處以0.3倍罰鍰，計2,136元。
該局提醒，111年6月22日新頒函釋，修改逾期未完稅交通工具使用公共道路經查獲之裁罰計算基準，已不再是等到次年度查獲時才裁罰，相較於以往，處罰時間有提前喔！ 車主如有未繳納稅款者，應儘速繳納，以免受罰。如有相關使用牌照稅疑問，歡迎上班時間撥打該局免費服務電話0800-000-321，將有專人提供服務。