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一、申請畜牧場附設堆肥場營運許可(詳如相關附件)：畜牧場登記證書影本、堆肥舍建築使用執照影本、堆肥醱酵設施圖、營運管理計畫書、堆肥場各項設施配置圖、污染防治計畫書原料提供者名冊、自申請日起有效期間一年以上之委託清除再利用或再利用契約書。

二、申請共同處理堆肥場營運許可(詳如相關附件)：畜牧場登記證書影本、堆肥舍建築使用執照影本、堆肥醱酵設施圖、營運管理計畫書、堆肥場各項設施配置圖、污染防治監測計畫書、依農業產銷班設立暨輔導辦法設立登記之畜牧產銷班證明文件、尚有一年以上有效期限之產銷班班員委託清除處理再利用禽畜糞或其他農業事業廢棄物合約書、收受事業廢棄物為原料者，應提供原料提供者名冊、自申請日起有效期間一年以上之委託清除再利用或再利用契約書。

三、申請代處理堆肥場營運許可(詳如相關附件)：污染防治監測計畫書、農民團體、公司或商業登記證明文件影本、土地核准作堆肥場使用文件及建築使用執照影本、堆肥醱酵設施圖、營運管理計畫書、堆肥場各項設施配置圖、原料提供者名冊、尚有一年以上有效期限之委託清除再利用或再利用契約書、個案再利用許可文件影本，但無個案再利用許可者，免附。